Die Ursachen für eine Cholera-Epidemie liegen generell in unzureichenden hygienischen Verhältnissen und einem Mangel an sauberem Trinkwasser. Im Falle Perus wurde den Behörden lange der Vorwurf gemacht, die mikrobiologische Verseuchung der Trinkwasserspeicher in den ländlichen Gebieten nicht erkannt zu haben, die als Auslöser der Epidemie gilt. Neuere Studien zeigen ein weit komplexeres Bild der Lage und machen die gesamte Infrastruktur der Wasserversorgung und das damals schlechte Gesundheitssystem mitverantwortlich für die Ausbreitung der Cholera. Zudem befand sich das Land in einer dramatischen Wirtschaftskrise. Das Ausgangsszenario war also folgendes: Man wusste, was geschehen würde, hatte dem aber nicht die notwendigen Mittel entgegenzusetzen.
Gleichzeitig hat man wohl angesichts dessen zu lange damit gewartet, ausländische Hilfe anzufordern – so der Vorwurf an die Adresse der peruanischen Regierung unter Präsident Alberto Fujimori, der erst seit einem halben Jahr im Amt war. Es wird heute zudem offen darüber spekuliert, dass das autoritäre Fujimori-Regime aus Furcht vor sozialen Unruhen die Ausrufung der Notstands verzögert hat – mit verheerenden Folgen einer unkontrollierten Ausweitung der Seuche im ganzen Land und darüber hinaus. Auch dafür spricht einiges: Als die Cholera-Epidemie in Peru ausbricht, sieht sich das Land zwei großen innenpolitischen Problemen ausgesetzt: Drogenkriminalität und Terrorismus. Deren Bekämpfung hatte Fujimori zur Hauptsache seiner Regentschaft erklärt. Für alles Andere außerhalb der Wirtschafts- und Sicherheitspolitik waren die ohnehin knappen Mittel gekürzt worden.
Fazit: Der Ausbruch der Cholera-Epidemie konnte nicht verhindert werden, deren landesweite Ausbreitung schon. Durch rechtzeitiges, beherztes Eingreifen von Seiten der höchsten Regierungsstellen hätte die Cholera-Epidemie in einem frühen Stadium eingedämmt und das Ausmaß der Katastrophe begrenzt werden können.