Eine vollständige Erneuerung
Seine induktiv-experimentelle Methode beschreibt Bacon zunächst in seinem Werk Novum Organum. Der Titel ist eine Anspielung auf Aristoteles Organon, das durch Bacons neuen Entwurf als wissenschaftstheoretische Folie abgelöst werden soll. Im Novum Organum werden die Prinzipien einer Wissenschaftsorganisation modelliert, bei der es um Naturerkenntnis und dadurch um Naturbeherrschung geht. Schließlich erwächst daraus – und hier zeigt sich dann doch noch einmal der Staatsmann Bacon – eine Erhöhung der eigenen Macht, also der Macht des Menschen einerseits und der Macht Englands andererseits. England war zu Beginn des 17. Jahrhunderts auf dem besten Weg, die Renaissancemächte Spanien und Portugal zu verdrängen. Bacon erlebte dies als Abgeordneter. Ihm geht es also auch darum, diese neue Position Englands durch eine effiziente, moderne Wissenschaftsorganisation zu untermauern und auszubauen.
Es geht in Bacons Wissenschaftsbild nicht mehr um das ehrfürchtige Nachvollziehen eines natürlich-göttlichen Regelwerks, sondern um die schöpferische Entwicklung eigener Regeln aus der empirischen Forschungsarbeit. Er beabsichtigt damit, »zu einer vollständigen Erneuerung der Wissenschaften und Künste, überhaupt der ganzen menschlichen Gelehrsamkeit, auf gesicherten Grundlagen zu kommen«.
Damit, dass die Erneuerungsarbeit von allen getragen werden soll, richtet sich Bacon aber nicht nur gegen Aristoteles’ Deduktionsbegriff, sondern auch gegen die platonische Vorstellung wahrer Ideen, die nur von wenigen (Platon nennt diese Wenigen Philosophen) »geschaut« und »gefunden« werden können. Forschungsarbeit ist bei Bacon weder Verkörperung des Allgemeinen im Einzelnen (aristotelische Deduktion) noch von der Elite geschauter Abschnitt einer Ideenwelt (platonisches Finden). Von der konkreten Forschung handelt sein zweites großes Werk: Nova Atlantis.
Obgleich nicht gänzlich hierarchiefrei, ist die Organisation in Nova Atlantis nicht an den elitären Ansichten Platons orientiert. Ferner ruht sie nicht auf einem abgeschlossenen Kanon an Erkenntnissen, wie er Aristoteles vorschwebt. Alles wird mit Hilfe aller grundsätzlich und ergebnisoffen unter die Lupe genommen, oder wie Bacon es ausdrückte, »mit einem Verstand, der von Meinungen rein gewaschen ist« – wertneutral, wie es rund 300 Jahre später der Wiener Kreis sagen wird, um sich von der Frankfurter Schule vorhalten lassen zu müssen, dass es so etwas gar nicht gebe und es statt dessen Teil eines gigantischen Selbstbetrugs der Moderne sei, von »wertneutraler« Wissenschaft zu sprechen. Der Streit, den Bacon lostritt, ist bis heute ein in Methodologie und Epistemologie akademisch virulenter – ein Streit um inhärente Werturteile, den »view from nowhere« (Nagel) und den Missbrauch der angeblichen Neutralität wissenschaftlicher Forschung.